هاجم الدكتور ثروت الخرباوي، القيادي الإخواني المنشق، هيئة كبار العلماء، واصفا إياها بأنها كهنوتية وأن الجماعة سعت لإستغلالها لمصالحها الشخصية.
وقال الخرباوي، لـ"الوطن"، إن الجماعة سعت لإعادة دور هيئة كبار العلماء من جديد، وغيروا في القوانين الخاصة بالأزهر، ليكونوا متواجدين طول العام.
وأضاف، أن الدكتور محمد عمارة رجلا ليس أزهريا ومعروف توجهه الإخواني ويثير فتن كثيرة بين المسلمين والأقباط، إلا أنه وضع له مكانة كبيرة داخل مجمع البحوث الإسلامية والمجلس الأعلى للشئون الإسلامية آنذاك، وهيئة كبار العلماء، وأعطي له إدارة مجلة الأزهر، وكذلك حينما تم تشكيل هيئة كبار العلماء تم اختيار الدكتور يوسف القرضاوي أو الأسماء داخل الهيئة ثم وضع مجموعة أخرى من الإخوان مثل الشيخ محمد الراوي وأخرين، فوصل عدد الإخوان في التشكيل الأول للهيئة 14 عضوا من أصل 26 عضو بما يعني أنه أعطي للإخوان الأغلبية حتى الـ12 الآخرين كان لهم توجهات مؤيدة للجماعة، وهناك مواقف سياسية كثيرة تثير الريبة.